ความร่วมมือด้านการขนส่งของอาเซียน มีวัตถุประสงค์เพื่อเสริมสร้างระบบการขนส่งให้มีการรวมตัวกันในภูมิภาคอาเซียนและทำงานได้อย่างมีประสิทธิภาพ และบูรณาการเข้ากับเศรษฐกิจโลกภายใต้แผนปฏิบัติการด้านการขนส่ง (ASEAN Transport Action Plan (ATAP) 2005-2010) ความร่วมมือด้านการขนส่งของอาเซียนได้มุ่งเน้นเรื่องการเสริมสร้างความเชื่อมโยงในการขนส่งหลายรูปแบบ การส่งเสริมการเคลื่อนย้ายคนและสินค้าแบบไร้พรมแดน และการส่งเสริมการเปิดเสรีบริการด้านขนส่งทางน้ำและทางอากาศให้ดียิ่งขึ้น
เพื่ออำนวยความสะดวกด้านการเคลื่อนย้ายสินค้าในภูมิภาคอาเซียน อาเซียนได้จัดทำกรอบความตกลงด้านการอำนวยความสะดวกด้านการขนส่งที่สาคัญ 3 ฉบับ ดังนี้
(1) กรอบความตกลงอาเซียนว่าด้วยการอำนวยความสะดวกในการขนส่งสินค้าผ่านแดน (ASEAN Framework Agreement on the Facilitation of Goods in Transit: AFAFGIT)
(2) กรอบความตกลงอาเซียนว่าด้วยการขนส่งหลายรูปแบบ (ASEAN Framework Agreement on Multimodal Transport: AFAMT)
(3) กรอบความตกลงอาเซียนว่าด้วยการอำนวยความสะดวกในการขนส่งข้ามแดน (ASEAN Framework Agreement on the Facilitation of Inter-State Transport: AFAFIST)
ทั้งนี้ กรอบความตกลงทั้ง 3 ฉบับ มีวัตถุประสงค์เพื่อลดขั้นตอนในกระบวนการด้านการค้า/การขนส่งในอาเซียนให้ง่ายขึ้น มีการปรับประสานกัน จัดทำแนวทำงและข้อกำหนดร่วมกันในการจดทะเบียนผู้ประกอบการขนส่งผ่านแดน และขนส่งหลายรูปแบบ รวมทั้งส่งเสริมการใช้เทคโนโลยีสารสนเทศในการขนส่งสินค้าแบบไร้พรมแดน
ความร่วมมือด้านการขนส่งทางอากาศ
ในด้านการขนส่งผู้โดยสารทำงอากาศ ได้มีการให้สิทธิรับขนส่งการจราจรเสรีภาพที่ 3, 4, และ 5 อย่างไม่จากัดระหว่างเมืองใดๆ ในอาเซียน ซึ่งสายการบินสามารถทำการบินไปยังเมืองที่มีท่าอากาศยานระหว่างประเทศ และสามารถใช้สิทธิรับขนส่งการจราจรระหว่างเมืองต่างๆของอาเซียน และระหว่างเมืองหลวงของประเทศสมาชิกอาเซียน โดยสิทธิเสรีภาพคล้ายคลึงกันนี้จะขยายรวมไปถึงการให้บริการระหว่างเมืองอื่นๆ ของอาเซียน ภายใต้ความตกลงพหุภาคีอาเซียนว่าด้วยการเปิดเสรีอย่างเต็มที่ของบริการขนส่งผู้โดยสารทำงอากาศ (ASEAN Multilateral Agreement on the Full Liberalisation of Passenger Air Services: MAFLPAS) สำหรับการเปิดน่านฟ้าเสรี (Open Skies) อย่างเต็มรูปแบบในส่วนของเที่ยวบินขนส่งเฉพาะสินค้า
ประเทศสมาชิกอาเซียนได้มุ่งมั่นที่จะเปิดเสรีอย่าง เต็มที่เที่ยวบินขนส่งสินค้าทางอากาศ และให้สิทธิรับขนส่งการจราจรเสรีภาพที่ 3, 4, และ 5 อย่างไม่จากัดในการบริการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศ ณ เมืองใดๆ ที่มีท่าอากาศยานระหว่างประเทศภายในอาเซียน ขณะนี้อาเซียนอยู่ระหว่างการพัฒนา การบังคับใช้กฎหมาย เพื่อบรรลุการเป็นตลาดการบินร่วมอาเซียนภายในปี 2015 สำหรับการเชื่อมโยงด้านการขนส่งทำงอากาศกับประเทศคู่เจรจา อาเซียนและจีนใกล้บรรลุผลการเจรจาจัดทำความตกลงว่าด้วยการขนส่งทำงอากาศกับจีน และอาเซียนมีกำหนดจะเจรจากับอินเดียและเกาหลี ต่อไป
ความร่วมมือด้านการขนส่งทางน้ำ
อาเซียนได้จัดทำแผนปฏิบัติการว่าด้วยการขนส่งทางทะเล ที่มีการรวมตัวเพื่อเพิ่มขีดความสามารถแข่งขันในภูมิภาคอาเซียน เป็นการเสริมสร้างความเข้มแข็งด้านการบริการและการตลาดขนส่งสินค้าทำงเรือภายในอาเซียน ซึ่งมุ่งเน้นการพัฒนาโครงสร้างสาธารณูปโภค และ การเชื่อมโยงทำงการตลาด โดยจัดทำยุทธศาสตร์การพัฒนาการรวมกลุ่มสาขาการขนส่งทางทะเลของอาเซียนเป็นตลาดเดียว (ASEAN Single Shipping Market) โดยขณะนี้อาเซียนอยู่ระหว่างการจัดทำกรอบยุทธศาสตร์ดังกล่าว
ความร่วมมือด้านการขนส่งทางบก
อาเซียนได้ให้ความสำคัญต่อการดำเนินโครงการเชื่อมโยงเส้นทางรถไฟสายสิงคโปร์- คุนหมิง (the Singapore-Kunming Rail Lind: SKRL) และการพัฒนาโครงการโครงข่ายทำงหลวงอาเซียน (AHN) โดยเส้นทำงผ่านสิงคโปร์-มาเลเซีย-ไทย-กัมพูชา เวียดนาม-จีน (คุนหมิง)เป็นเส้นทำงหลักของ SKRL คือผ่านทำง และมีเส้นทำงเชื่อมไทย-พม่า และไทย-ลาว
จากข้อมูลของหน่วยงานที่เกี่ยวข้องกับโครงการโครงข่ายทำงหลวงอาเซียน (AHN) ได้รายงานว่า โครงข่ายเส้นทำงหลวงอาเซียนทั้งหมด มีระยะทำง 26,207.8 กิโลเมตร โดยมีสัดส่วนโครงข่ายเส้นทาง ที่มีมาตรฐานขั้นที่ 3 (ถนนลาดยาง 2 ช่องจราจร ผิวทำงกว้าง 6 เมตร) หรือสูงกว่า เป็นระยะทำงเกือบ 24,000 กิโลเมตร ทั้งนี้ ยังได้ให้ความสาคัญต่อการปรับปรุงถนนต่ากว่าขั้นที่ 3 สำหรับเส้นทำงการขนส่ง ผ่านแดน (Transit Transport Routes: TTR) เป็นระยะทาง 1,858 กิโลเมตร ในประเทศลาว พม่า และฟิลิปปินส์ภายในปี 2015 นอกจากนี้ การสนับสนุนด้านเงินลงทุนยังเป็นสิ่งจำเป็นในการปรับปรุงโครงข่ายและเส้นทำงหลวงให้มีมาตรฐานอย่างน้อยขั้นที่ 1 และการบำรุงรักษาถนนเส้นทำงหลวงอาเซียนที่มีอยู่เดิม
ขณะนี้อาเซียนอยู่ระหว่างการดำเนินการตามแผนยุทธศาสตร์ด้านการขนส่งอาเซียน (ASEAN Strategic Transport Plan) ปี พ.ศ.2554-2558 ซึ่งได้รับการรับรองเรียบร้อยแล้ว
